“农业部植保机械工程技术重点开放实验室”的前身为“农业部南京农业机械化研究所的植保机械研究室”，该机构始创于二十世纪三十年代，原名为"中央农业实验所喷雾器制造实验室"，我国第一台压缩式喷雾器与双管喷雾器就是诞生在该实验室。经过几代人的不懈努力，该室现已取得了一大批卓有成效的科研成果，研发了多种新型植保机具，建立了一支植保机械应用基础研究和机具开发的科研队伍，建成了我国最大的植保机械试验室，逐步完善了各种先进的仪器设备，为保证农业的稳产高产做出了历史性的贡献，也确立了自身在全国植保机械行业中的技术领先地位，并为进一步发展奠定了基础。
　　1974年由第一机械工业部、1979年由农业机械部发文，明确认定南京农业机械化研究所为全国植保机械行业的技术归口单位和植保机械测试基地。在此基础上1990年12月经农业部评审批准为“农业部重点开放性植保机械研究实验室”。1992年通过第二轮评审。1996年通过第三轮评估后由农业部统一命名为“农业部植保机械重点开放实验室”。
　　为了拓宽实验室的研究领域、加强应用基础的研究，走学科交叉融合和技术创新之路，2002年底通过第四轮评估后，将实验室的名称改为：“农业部植保机械工程技术重点开放实验室”。
　　“九五”以来，承担各类科研项目共120多项，其中国家攻关课题2项， 国际合作课题2项，省部委重点课题40多项，横向协作课题90多项，其他课题（由南京市和本所立项管理）10项，实验室学委会审批的开放课题14项。
　　 “九五”以来共获国家科技进步二等奖1项；国家科技进步三等奖1项；部、省、市级科技进步一等奖2项、二等奖5项、三等奖9项；中国机械工业联合会优秀科技成果奖1项，发表论文200多篇， 出版专著9册、批准实用新型专利30多项。其中有多项居国内领先水平。如：国家科技攻关项目“高效宽幅远射程机动喷雾机”、 农业部跨越计划“高效远射程均匀雾喷洒机具”、科技部基础性研究项目“机械化施药技术规范”等重大项目。